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アイテム
AlphaFold2 をもちいた変異アンチトロンビンの 立体構造の可視化および トロンビン・ヘパリン結合様式への影響の考察
https://hokuriku.repo.nii.ac.jp/records/2000064
https://hokuriku.repo.nii.ac.jp/records/2000064e3aed2e2-0160-4899-ac00-4a5b9dafdd99
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
|---|---|---|
hoken01.pdf (2.6 MB)
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| Item type | 紀要論文 / Departmental Bulletin Paper(1) | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 公開日 | 2023-09-30 | |||||||
| タイトル | ||||||||
| タイトル | AlphaFold2 をもちいた変異アンチトロンビンの 立体構造の可視化および トロンビン・ヘパリン結合様式への影響の考察 | |||||||
| 言語 | ja | |||||||
| 言語 | ||||||||
| 言語 | jpn | |||||||
| キーワード | ||||||||
| 言語 | en | |||||||
| 主題 | Antithrombin | |||||||
| キーワード | ||||||||
| 言語 | en | |||||||
| 主題 | AlphaFold2 | |||||||
| キーワード | ||||||||
| 言語 | ja | |||||||
| 主題 | 立体構造予測 | |||||||
| 資源タイプ | ||||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_6501 | |||||||
| 資源タイプ | departmental bulletin paper | |||||||
| アクセス権 | ||||||||
| アクセス権 | open access | |||||||
| アクセス権URI | http://purl.org/coar/access_right/c_abf2 | |||||||
| その他（別言語等）のタイトル | ||||||||
| その他のタイトル | Visualization of the interaction between antithrombin (AT), thrombin and heparin, and the effect of AT mutations on their binding patterns. | |||||||
| 言語 | en | |||||||
| 著者 |
喜多慎太郎
× 喜多慎太郎
× 荒磯裕平× 關谷暁子 |
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| 著者（英） | ||||||||
| 姓名 | Kita Shintaro | |||||||
| 言語 | en | |||||||
| 所属機関名 | Dept. of Clin. Lab. Sci., Div. of Health Sci., Kanazawa University | |||||||
| 言語 | en | |||||||
| 著者（英） | ||||||||
| 姓名 | Araiso Yuhei | |||||||
| 言語 | en | |||||||
| 所属機関名 | Dept. of Clin. Lab. Sci., Div. of Health Sci., Kanazawa University | |||||||
| 言語 | en | |||||||
| 著者（英） | ||||||||
| 姓名 | Sekiya Akiko | |||||||
| 言語 | en | |||||||
| 所属機関名 | Faculty of Health and Medical Sciences, Hokuriku University | |||||||
| 言語 | en | |||||||
| 抄録 | ||||||||
| 内容記述タイプ | Abstract | |||||||
| 内容記述 | アンチトロンビンは（AT）は、トロンビンや活性型第 X 因子と結合することにより凝固作用を阻害する。AT のトロンビンに対する阻止作用は、ヘパリン存在下では非存在下の約1,000 倍となる。一部の先天性 AT 欠乏症において、ミスセンス変異により AT の構造が変化し、ヘパリン親和性や抗トロンビン活性が低下することが報告されている。しかし、ミスセンス変異を持った AT の立体構造を全て実験的に決定することは難しいため、その構造や機能に与える影響について明らかではないものが多くある。2021 年に発表されたAlphaFold2（AF2）は、任意のアミノ酸配列からタンパク質の立体構造を高精度に予測できる AI プログラムである。今回、AF2 を用いて、2 種類の変異型 AT（AT-Toyama：Arg79Cys、AT-Hamilton：Ala414Thr）における立体構造を予測し、ミスセンス変異がもたらす構造変化と機能への影響を可視化した。AT-Toyama では、ヘパリンとの結合部位である正電荷の Arg79が Cysに変異することにより、正電荷が失われることが予測された。AT-Hamilton では、Ala414 が Thr414 に変異することにより、トロンビン結合部位に位置する Arg425の側鎖の向きが、外方向から内方向に変わると予測された。本研究の結果は、先行研究により論じられているヘパリン親和性低下および抗トロンビン活性低下の機序と整合性があると考えられた。AF2 は、タンパク質間での相互作用や機能への推定に有用であることが示唆された。 |
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| 書誌情報 |
ja : 北陸大学紀要 fr : Bulletin of Hokuriku University 号 55, p. 245-252, 発行日 2023-09-30 |
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| 出版者 | ||||||||
| 出版者 | 北陸大学 | |||||||
| 言語 | ja | |||||||
| ISSN | ||||||||
| 収録物識別子タイプ | ISSN | |||||||
| 収録物識別子 | 2186-3989 | |||||||
